El Código de Procedimiento Tributario (CPT), contempla un procedimiento especial de reclamo por vulneración de los derechos del contribuyente (listados en el artículo 381), el cual se interpone ante el Tribunal Administrativo Tributario (TAT).

Constituyen derechos de los contribuyentes:

1. A ser tratados con el debido respeto y consideración por parte de todos los funcionarios de la DGI, jueces administrativos tributarios y magistrados del TAT.
2. A que las actuaciones de la DGI, jueces tributarios y magistrados del TAT se lleven a cabo de forma que resulten menos gravosas y perjudiciales al giro habitual del contribuyente, sin afectar la facultad de la DGI para llevar a cabo la auditoría y la garantía del cobro de los impuestos resultantes si proceden.
3. A no tener que presentar documentos o entregar información que se encuentren en poder o custodia de la DGI.
4. A que la información suministrada a la DGI, jueces tributarios o al TAT se mantenga con carácter reservado, y que solo sea utilizada para la aplicación de los tributos o recursos o para la aplicación de sanciones, sin que puedan ser cedidos o comunicados a terceros, salvos los supuestos previstos en la Ley.
5. A estar asistidos por sus asesores de confianza desde el comienzo de cualquier procedimiento de fiscalización, revisión o auditoría iniciado por la DGI y a designar hasta dos observadores en toda su duración, incluyendo la etapa de preparación de las pruebas respectivas.
6. A saber que están siendo revisados, auditados o fiscalizados de cualquier forma por la DGI, y a conocer sobre la naturaleza y alcance de la investigación. También tendrán derecho a conocer la identidad de los funcionarios que están a cargo, así como a conocer la identidad de sus superiores jerárquicos inmediatos, y a que los procedimientos de fiscalización se desarrollen dentro de plazos razonables. En consecuencia, no habrá procesos secretos de fiscalización, auditorías o revisión.
7. A tener acceso a los informes y actuaciones realizados en el expediente de la revisión o auditoría de la cual es objeto el contribuyente, y a obtener copias certificadas, a su costa, de los documentos que integren cualquier proceso en contra del contribuyente en un plazo no mayor de cinco días hábiles, contado a partir de la fecha de la solicitud.
8. A no ser revisados o auditados dos veces por un mismo tributo respecto de los mismos periodos examinados, y a la corrección de las declaraciones de impuestos.
9. A que no les incauten equipos o partes de equipos informáticos durante el proceso de revisión o auditoría, cuando exista la facilidad de proveerle a la DGI la información necesaria. La DGI solo podrá copiar documentación electrónica con relevancia fiscal.

Se deberá garantizar que la información electrónica copiada no sufrirá alteraciones o modificaciones posteriores.

10. A que los derechos y créditos fiscales originados por el transcurso del tiempo, no estén sujetos a revisión ni a auditoría en forma retroactiva, más allá del periodo de prescripción que le aplique.

11. A exigir la devolución de lo pagado indebidamente o en exceso, o de más, con los intereses por mora, y a ser reembolsados de los costos y gastos ocasionados por la satisfacción de garantías de pago, cuando mediante resolución se declaren improcedentes o prescritas las pretensiones de la DGI.

12. A que se implementen soluciones informáticas o manuales que subsanen las deficiencias en los formularios digitales o en los métodos de cómputo que transgredan o rebasen las normas legales en el menor tiempo posible.

13. Igualmente, se contemplan una serie de derechos procesales, tales como: el derecho a la defensa, a interponer acciones y recursos, así como otros que garantizan el debido proceso.